אתנה מטילה על פנדורה משימה: עליה למצוא ולגאול ארבע נשמות אבודות בעולם המודרני. כל אחת מהן נושאת צלקות עמוקות משל עצמה:

• ג'ק (40), חוקר התנהגויות ברשת הבורח מאחריות על אלגוריתם הרסני שפיתח.

• כריסטינה (32), משפיענית רשת המסתירה זהות מזויפת ומערכת יחסים רעילה.

• אנג'לו (32), הייטקיסט ספרדי עם עבר פלילי של הונאה.

• מירי (45), מורה ישראלית המתמודדת עם אשמה על מות בנה באירועי 7 באוקטובר.

כדי לאחד את הקבוצה, פנדורה מתחזה לסטודנטית צעירה לארכיאולוגיה וממציאה סיפור כיסוי: היא מספרת להם שבן זוגה גנב ממנה את כל כספה וגם תיבה עתיקה המכילה מפה המובילה ל"גן העדן האבוד". הסיפור מושך את הקבוצה למסע באזור אטיקה ביוון, שם הם נאלצים להתמודד עם סדרת אתגרים פילוסופיים ופיזיים אלא שכוחות אפלים פועלים נגדם.

ארס, אל המלחמה, מתחזה לארנון שטרן ומנהיג את "הצללים הדיגיטליים" ו"התקועים" – קבוצות המנסות למנוע מהם להשלים את משימתם. המאבק מתנהל בשלושה מישורים.
 האישי – כל חבר בקבוצה מתמודד עם שדים פנימיים.
 הקבוצתי – מתחים וחוסר אמון בין חברי הקבוצה, במיוחד סביב זהותה האמיתית של פנדורה.
 הקוסמי – המאבק בין כוחות האור והחושך על עתיד האנושות.

לאורך המסע, הקבוצה עוברת דרך אחד-עשר אתגרים, כל אחד מייצג שלב קריטי בהתפתחותם: מ"גשר אמרסון" שבוחן את כוח הרצון שלהם, דרך "מראת וילדה" שחושפת את האמת על זהותם, ועד "מקדש פרנקל" – שם הם נאלצים להתמודד עם שאלות של הקרבה ומשמעות.

ככל שהם מתקרבים ל"גן העדן האבוד", מתברר שהמקום הוא יותר מאשר יעד פיזי – הוא מייצג את מצב השלמות והאיזון שאבד לאנושות. עבור פנדורה, זוהי ההזדמנות האחרונה לתקן את הטעות העתיקה. אך האם תצליח להוביל את הקבוצה לגאולה מבלי לחשוף את זהותה האמיתית? והאם בדרך להציל אותם, תמצא גם היא את הגאולה שלה?

"פרוטוקול פנדורה" הוא מסע של גילוי עצמי המשלב פנטזיה אורבנית עם דרמה פסיכולוגית, ומציב שאלות נוקבות על טבע האחריות, כוחה של תקווה, והמחיר של גאולה.